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Élevé sur la chaire pontificale en juin 678, saint Agathon, Sicilien d’origine, était d’une grande douceur et d’une candeur exquise. Il était moine de Saint-Hermès à Palerme, sous la règle bénédictine, et il avait dépassé les limites extrêmes de la vie humaine lorsqu’il fut élu Pape âgé alors de cent trois ans.

L’événement le plus marquant de son pontificat fut le sixième concile général, réuni à Constantinople. En y envoyant ses légats, après le concile de Rome, il les chargea d’une lettre où, au sujet de l’hérésie des monothélites qui devait être discutée, il la réprouva nettement et démontra la nécessité d’une double volonté en Jésus-Christ par suite de Sa double nature.

Sa lettre disait également : « L’univers catholique reconnaît l’Église romaine pour la mère et la maîtresse de toutes les autres. Sa primauté vient de saint Pierre, le prince des Apôtres, à qui Jésus-Christ a confié la conduite de tout le troupeau, avec la promesse que sa Foi ne faillirait jamais ».

Le concile se rangea à son avis et condamna le monothélisme. Et les Pères s’écrièrent : « Pierre a parlé par la bouche d’Agathon ! ».

Le saint pontife mourut le 10 janvier, ayant mérité, par ses miracles, le surnom de « Thaumaturge ». C’était l’an 682, Constantin IV empereur d’Orient et Thierry III roi des Francs.